Loď je dlouhá 40,25 metrů, vysoká 21 metrů, široká 9,2 metru a je sklenuta čtyřmi kříži. Žebra jsou klínovitá a je na nich vyobrazen letopočet 1768. Do východní zdi jsou zabudována čtyři hrotitá okna. Součástí hlavní lodi je i mělké kněžiště. Na schodech je vytesán letopočet ANNO 1700. Paprsčitá klenba, nacházející se nad hlavním oltářem byla opravena roku 1768.

Uprostřed hlavní lodi je zavěšen lustr od K. Hilberta. V jejím závěru na západní straně se nachází varhanní kruchta, která je pokračováním kruchty ze severní lodi. Varhanní kruchta je podklenuta křížem s klínovitými žebry, ve svornících se pak nacházejí štítky. Varhany zdobí zábradlí, které je rozděleno ve čtvercová pole s malým trojhranným balkonkem uprostřed. Na balkonku je vlevo znak Českého království a vpravo znak města Jaroměře. Pod kruchtou se nachází zpovědnice z roku 1737 s obrázkem sv. Petra.

Ve svornících klenby se nacházejí štítky: v prvním od východu W nad dvěma věžemi, ve druhém štítku od východu stříbrná podkova v červeném poli. Nad kruchtou je vyobrazen luk v červeném poli. Ve svorníku pod kruchtou je štít, ve kterém je malý vyobrazen štítek s trojhranem a nad ním koruna. Nad konšelskými lavicemi se nachází svorník s letopočtem 1607.

Hlavní oltář

Hlavní dominantou celého chrámu je krásný oltář. Nachází se na východní straně hlavní lodi a představuje klenot baroka. Oltář je 21m vysoký a zdobí ho celkem 35 soch. Na oltářním kameni je vytesán letopočet 1679 a leží pod ním ostatky sv. Leonarda a sv. Liberata. Oltář zdobí rokokový rám s obrazem P. Marie Karmelské. Vyřezávaná nástěnná architektura v pozadí je tvaru baldachýnu. Oltář zdobí ještě obraz sv. Mikuláše, který má zlatý rám a nesou ho čtyři andělé. Součástí oltáře je šest soch, téměř tři metry vysokých. Sochy znázorňují tyto světce: zleva – sv. František Xaverský , Florián, Dominik, Vavřinec, Jakub starší a Ignác z Loyoly. Stěny v pozadí oltáře jsou vyloženy umělým mramorem. Oltář byl zhotoven podle smlouvy mezi městem a děkanem P. Josefem Pavlíčkem ze dne 20. 12. 1771 za 450 zlatých rýnských. Velkolepé dílo pak zhotovil zdejší mistr Martin Krupka, který oltář dokončil v roce 1772. Čtyři hrotitá okna nad oltářem vyhotovil roku 1752 Václav Matějček, zdejší sklenář se svým synem Janem. Sklo bylo objednáno od skláře Fabiána Danka z Roketnice. Zlacené pontifikální křeslo, které je součástí hlavního oltáře, je dílem Martina Krupky. Před hlavním oltářem stojí tepaná trojboká cínová lampa, která je symbolem věčného světla. Po obou stranách oltáře jsou rámy pravoúhlých portálků. Levý je zazděn a pravý vede do sakristie.

Oltář sv. Františka Xaverského

Na pravé straně od hlavního oltáře se nachází oltář sv. Františka Xaverského, patřící cechu kovářů, bednářů a kolářů. Na oltářním kameni je vytesán nápis A. M. D. G. 1715 a po stranách jej zdobí sochy sv. Sebastiána, sv. Rocha, sv. Barbory a sv. Rosalie. Oltář byl zhotoven v roce 1761 po velkém moru. Na oltáři je k vidění ještě zasklená skřínka se soškou Milostného Pražského Jezulátka.

Oltář sv. Kříže

Nachází se naproti hlavnímu oltáři u třetího sloupu. Na oltáři je obraz Krista na hoře Olivetské a dvě sochy P. Marie a sv. Jana z poloviny 18 století.

Kazatelna

kazatelZ boční strany sloupu se nachází rokoková kazatelna, kterou na dolním okraji zdobí sochy čtyř sedících evangelistů, uprostřed reliéf Křtu Páně a na stříšce s čabrakami se nacházejí sochy Čtyř církevních otců: papež Řehoř, Ambrož s úlem, Augustin se srdcem a Jeroným s kardinálským kloboukem. Na úplném vrcholu stojí soška Dobrého pastýře. Sochy jsou z dílny Martina Krupky a pozlaceny byly pozlacovačem Brunerem. Roku 1860 prošly opravou.

Lavice

Uprostřed hlavní lodi jsou řady barokních lavic. V první řadě mají lavice na ploše vyřezávané ovocné motivy. Ostatní řady lavic plochy jsou hladké. V závěru lodi pod gotickým obloukem se nachází zachovalá konšelská lavice.

Relikvie Jana Pavla II.

Pod literátským kůrem se nachází největší klenot chrámu, kterým je relikvie svatořečeného Jana Pavla II. Vzácný relikviář s kapkou krve je umístěn pod jeho sochou v životní velikosti, kterou zhotovil akademický sochař Petr Novák v roce 2008. Zasklený relikviář ve tvaru gotického okna zhotovili truhláři Pavel Volf s otcem, čalouník Vladimír Hušek a umělecký kovář Vojtěch Piller z Jaroměře. Tento vzácný dar zaslal polský kardinál Dziwisz spolu s latinským ověřením pravosti. O relikvii se zásadně zasloužil obětavý polský kněz – P. ThLic. Jerzy Stanislav Zieba. Slavnostní uložení této relikvie se konalo dne 27. 10. 2013 za účasti diecézního královehradeckého biskupa J.E. Mons. JUDr. Ing. Jana Vokála, JU.D.

Literátský kůr

kropenkaLiterátský kůr se nachází nad severní lodí na kruchtě a je na něm nápis: „Chvalte Hospodina v svatyni jeho. Žalm 1501.“ Součástí literátského kůru je nejstarší kropenka, nacházející se hned napravo u vchodu na kůr. Zde se také nacházejí varhany.

Varhany

První zmínka o varhanách pochází z roku 1629, kdy byly nově zřízeny z dobrovolných příspěvků. Roku 1751 opravoval varhany v kostele sv. Mikuláše varhanář Kašpar Weltzl z Grulichu za 200 zlatých. Původní varhany z roku 1629 byly zchátralé a tak musely být roku 1848 odstraněny. O deset let později byl kůr přestavěn stavitelským mistrem Josefem Jiráskem z Jaroměře za sumu 633 zlatých. Práce trvaly téměř dva měsíce a během té doby byly všechny desky s pamětními nápisy ze starých varhan rozprodány několika jaroměřským občanům a tím zanikly poslední památky na nejstarší nástroj.

V roce 1859 postavil varhanář Karel Vocelka z Prahy za sumu 3413 zlatých nový nástroj. Ten procházel pravidelně opravami a roku 1957 byl nástroj kompletně přestavěn na pneumatický kuželkový systém. V letech 1994-1995 provedl generální opravu varhan František Nožina z Prahy. V celém nástroji byly vyměněny membrány, všechny dřevěné části nakonzervovány, píšťaly vyčištěny, naintonovány a naladěny. Bylo nutno také opravit motorový ventilátor, který byl v havarijním stavu. V roce 2010 provedl údržbu nástroje, opravu žaluziové skříně II. manuálu a intonaci jazykových rejstříků varhanář Vít Mišoň z Mladých Buků. Oprava se uskutečnila díky finanční podpoře města Jaroměře. K historii varhan patří také tzv. Pamětní listina varhan z roku 1859.