Nejstarší písemné zmínky

Nejstarší písemná zmínka o chrámu pochází z 1. poloviny 14. století, kdy byl v roce 1339 kostel inkorporován neboli přivtělen biskupem Janem IV. z Dražic kapitule u Všech Svatých na Pražském hradě, což potvrdil papež Kliment VI. roku 1344.

Další zpráva pochází z roku 1374, kdy pražský arcibiskup Jan Očko z Vlašimě urovnává spor listem vydaným 5. 1. 1374. Spor se konal mezi proboštem a konventem řádu augustiniánského a celou městskou obcí Jaroměř a šlo o dosazování a sesazování správce školy, zádušníka kostela a zvoníka. V tomto listu je mimo jiné napsáno, že rektor městské školy má povinnost zpívat se žáky každoročně mši a nešpory v kostele
sv. Mikuláše. Biskup se zde také zmiňuje o kostele sv. Jakuba. Tento kostel se na čas stal farním, místo ještě nedostavěného chrámu sv. Mikuláše a toto právo mu náleželo až do roku 1730, kdy byla hodnost formálně přenesena zpět na chrám děkanský.

Přemístění augustiniánů

V roce 1404 si probošt a konvent vyžádali povolení od arcibiskupa Zbyňka z Hasenburka, aby směli přesídlit z předměstí z kostela Panny Marie do města a tam si v blízkosti sv. Mikuláše vystavět nový klášter. V této žádosti uváděli všechny důvody, které si nechal arcibiskup prověřit. Hlavnímu důvody bylo to, že mniši, kteří bydleli za městskými zdmi, byli vystavování mnoha nebezpečím, navíc byl kostel Panny Marie vystavěn na vlhkém, nízko položeném místě, následně toho docházelo k poškozování bohoslužebných rouch a knih (svědci dosvědčovali pod přísahou) a teprve potom dne 5. 5. 1404 vydal povolení k přestěhování. Měl však jednu podmínku – kostel Panny Marie s oltářem zůstane na místě, kdežto budova klášterní se zbourá a místo ní si vystavějí vhodnou budovu u kostela sv. Mikuláše. Na konci tohoto listu arcibiskup nařizuje, aby každý den byla v kostele Panny Marie sloužena mše za spásu duší lidí, kteří zde odpočívají.

V této době se tedy začal stavět v místě dnešního děkanství nový klášter a pravděpodobně také přestavba chrámu sv. Mikuláše do větších rozměrů. Pod budovou děkanství jsou dodnes vidět prostorné sklepy s gotickou lomenou klenbou, které byly spojeny s protější budovou a patří mezi nejstarší ve městě. 

Proboštský dům

Současně s touto klášterní budovou byla vystavěna ještě jedna větší – proboštský dům. V otázce lokalizace Proboštského domu mezi badateli stále existují dvě verze. Jedni tvrdí, že Proboštský dům stál v prostoru vedle děkanství u kostela, druzí se zastávají verze, že dům byl umístěn na západní části náměstí (v současné době Spořitelna). Z tohoto proboštského domu dal v letech 1445-1448 Jiří z Poděbrad zbudovat tzv. hrad. Potvrzuje to listina, kterou se obyvatelé Jaroměře poddali Jiřímu z Poděbrad. Důvod ke zbudování tohoto domu pevnostního charakteru byl pravděpodobně dán zastaralým systémem obrany města, ke kterému došlo za dobytí Jaroměře husitskými vojsky a také pro dobré zabezpečení služby úředníka – krále Jiřího z Poděbrad.

Na další listině – dopisu Jaroměřských ze dne 5. 10. 1448 pro krále Jiřího z Poděbrad se přímo píše o domě Proboštském v Jaroměři, a ze kterého ,,jest hrad udělán“. Po roku 1465 hrad zaniká, protože v listině krále Vladislava z roku 1505 o něm již není zmínka. V listině krále Ladislava z roku 1454 dostává jako zástavu tento ,,hrad“ i s mlýnem pod kostelem podkomoří českého království Vaněk z Valečova.

Husité

Na novém místě pobývali augustiniáni do roku 1421, kdy město Jaroměř dne  6.-9. května dobyli husité. Ti město vypálili, zničili kostel Panny Marie i klášter ve městě. Kněží a řeholníci i s proboštem Štěpánem byli na náměstí upáleni, další lidé utopeni.

“K ukrutenství, jak vypravuje Balbín, přidali i posměch, metajíce konšely
a starší obecní do vody, pravili, že jim přednosť patří, měšťanům pak jiným, že by od nich neslušno bylo, aby představené své opustili. Druhého pak dne na to probošt s 8 bratřími a 14 kněžími světskými na náměstí jsou upáleni; toliko tří kněží obhájili život přiznáním se ku článkům podobojí. Proboštem tím byl kněz Štěpán (od r. 1418 po smrti probošta Jakuba), a převorem tehdáž byl bratr Remigius; jména ostatních nejsou známa.

Jaroměř se od této chvíle stává městem husitským a původní německé obyvatelstvo je počeštěno. Klášter již potom nebyl obnoven a z budovy se později stalo děkanství. Statky bývalého augustiniánského kláštera zastavil roku 1436 král Zikmund Jiříkovi z Chvalkovic.

Stavba třílodního chrámu, která byla započata augustiniány, zůstala díky husitům nedokončena. Vystavěny byly pouze postranní zdi, arkády mezi loďmi, literátská kruchta a pravděpodobně i věže. ->