Při požáru roku 1446 část města i s kostelem opět vyhořela. Chrám byl zaklenut při velké rekonstrukci až v roce 1511. Zaklenuta byla hlavní loď ve výši původního plánu a obě postranní lodě níže.

Dne 12. Září 1548 vypukl ve městě další požár, při kterém shořela jižní věž, fara a škola, zvony se rozpukaly, na kostele shořel všechen krov, malá věžička se probořila a spadla skrze klenutí. Kostel byl poté znovu obnoven a opraven, věž již ne. Její zbytek se zachoval až do roku 1835, kdy byl zbořen při stavbě nové školy naproti děkanství.

drevorezbaChrám měl původně 2 věže. Průčelní k JZ bývala pravděpodobně věž hradební-zařezávala se do chrámové stavby a druhá věž severní – hlásná s hodinami – zůstala u kostela až do roku 1753. Byla vysoká 60 loktů, hranolovitá s čtvercovým půdorysem a nahoře s mírně vystupujícím ochozem. Hlásná věž je zachycena na dřevořezbě, která se zachovala do dnešní doby a je umístěna v jaroměřském muzeu.

V roce 1670, kdy město opět vyhořelo, i tato věž byla zničena a později v roce 1683 byla při další opravě snížena o 15 loktů. Během tohoto požáru shořely dvě třetiny městských domů, děkanství, škola, radnice s věží a chrám s věží. Oheň vyšlehl v pátek 8. srpna v 10 hodin večer z domu císařského rychtáře Matyáše Švendy z Rosenfeldu. (nynější dům č.28). V tomto roce byla tedy provedena další oprava chrámu, kdy byly zesíleny pilíře na J straně směrem k mlýnskému náhonu, snížena severní věž a také postaveny některé postranní oltáře.

Severní hlásná věž plnila svoji funkci až do roku 1753, kdy se 13. 5. večer při mírném větru zřítila na obchod barvíře Josefa Šarfenbergra, rozbořila dům pana Václava Bárty-v té době hlásného. Jeho manželka Konstancie a dcera Eleonora zůstaly v troskách domu a obě zahynuly. Pan Bárta v té době doma nebyl.

Na místě severní věže byl tedy vystavěn druhý vzpěrný pilíř směrem od zvonice. Tato věž je zachycena na obraze sv. Mikuláše na děkanství z roku 1746, kde se jedná o nejstarší zachovanou podobu s věží.

Restaurátorské práce 1898-1904

Při těchto pracích byly podle návrhu J. Mockera vyměněny a doplněny pultové stříšky, římsy na pilířích i na stěně lodi. Dále byly vyměněny poškozené kvádry a hlavní římsa a zároveň byla také provedena změna zastřešení.

Záchranné práce 1972-1974

V těchto letech bylo potřeba provést záchranné práce na chrámu. Pilíře a zdivo bylo totiž vystavěno jednou částí na skále (opuce) a jednou částí na náplavech. Nestejnorodý průběh skalního podloží byl příčinou vzniku trhlin hlavně v jihovýchodní části chrámu. Docházelo i ke zvětrávání malty, zatékání dešťové vody a své stopy zanechaly i původní požáry, které v minulosti narušily zdi. Bylo tedy nutné, aby se provedl rozsáhlý geologický průzkum podloží a nejdůležitější záchranné akce, kdy se provedlo sevření pilířů na jižní straně chrámu pomocí železobetonových pražců v základech – tzv. mikropilot. Mikropiloty jsou bezešvé ocelové trubky, které jsou schopné přenést celé zatížení chrámu až do únosného podloží.

Záchranné práce proběhly ve třech etapách. V první etapě bylo cílem zabezpečit základy zvonice (původní městské brány). Zde byla provedena cementová injektáž rozrušeného zdiva. V těchto místech byla při opravách nalezena keramika ze 14. století a řádkové kvádříkové opukové zdivo. Ve druhé etapě byl zpevněn pilíř jižní lodě J6, který byl zalit 22 500kg cementu. Ve třetí etapě se celá jižní stěna zpevnila vrtem hlubokým 22 metrů.

Ve všech etapách byly použity svislé a šikmé mikropiloty, které procházejí buď v těsné blízkosti základů, nebo přímo skrze základy chrámu. Díky plné podpoře ministerstva kultury, Státního ústavu památek a péče v Praze, Krajského střediska památkové péče v Pardubicích
a Vodních staveb mohlo být na záchranné akce použito 4 332 069 Kč.

Restaurátorské práce 2001-2007

V těchto letech bylo zrekonstruováno celkem dvanáct okenních figurálních a ornamentálních vitráží Jaroslavem Skuhravým z Nového Boru. Součástí těchto prací bylo i osazení oken ochrannými kovovými sítěmi, které byly předsazeny před plochy vitráží ve vzdálenosti 12 cm.

Restaurátorské práce probíhaly v několika etapách. Jako první byla nejprve provedena fotodokumentace původního stavu výplní před restaurováním. Všechny vitráže se nacházely ve velmi špatném stavu. Jejich plocha byla potemnělá velkým nánosem nečistot a olověná vazba výplní byla ve spojích značně popraskaná. Dále bylo zjištěno, že na mnoha místech byly zkorodované rámy oken a skla byla často vypadaná.

Ve druhé etapě byly všechny okenní pláty zpevněny přelepením lepenkou, aby se při vyjímání z ostění nerozpadly.

Ve třetí etapě byla všechna skla poté omyta ve speciální lázni od nečistot. Hodně poškozené díly byly nahrazené novými skly ve správné barvě a druhu skla. Na nové díly se domalovala sklářskými vypalovacími barvami scházející malba podle původního vzoru a namalovaná skla se dala vypálit do vypalovací pece na potřebnou teplotu, při níž se sklářská barva přitaví k povrchu skla. Restaurované vitráže všech oken byly z vnitřní strany přes malbu natřeny ochranným nátěrem.

Ve čtvrté etapě byly nosné části kovových rámu zpevněny šrouby a natřeny dvěma vrstvami grafitové barvy a také byly vyrobeny nosné trny na předělech oken.

Obnova fasády chrámu sv. Mikuláše 2001-2010

Současně s restaurátorskými pracemi probíhala i obnova fasády. Z nálezové zprávy vyplývá, že kamenné zdivo bylo před restaurováním ve velmi špatném stavu, plochy některých bloků byly zvětralé a kameny se místy odlupovaly až do hloubky 5cm.  Na některých místech chyběl spárovací materiál – zvláště v horních partiích. Omítkové plochy byly téměř po celé ploše zničeny a při dotyku se drolily. Povrch bloků byl v celé ploše zasažen nálety mikrovegetace (řasy, mechy, lišejníky). Kamenné bloky opěrných pilířů pocházejí z 15. – 18. století a jejich povrch byl otesán širokými dláty tzv. šalírováním. Nově osázené bloky pocházející z počátku 20. století při novogotické úpravě mají povrch pemrlovaný s lemy vypracovanými dlátem. Spárování na mnohých místech bylo popraskané, uvolněné nebo popadané. Na vyšších místech chámu se teméř nedochovalo – bylo vyplaveno do hloubky několika cm zatékající vodou. Zbytky omítky odpovídaly stavebním úpravám z přestavby chrámu z let 1898-1904 podle návrhu Mockera. Historicky starší omítky z let chrámových oprav roku 1564, 1683 a 1701 se zachovaly minimálně pouze v částech v záklencích a špaletách oken.

Obnova probíhala v těchto etapách:

1. Čištění – zde byly mechanicky odstraněny nánosy rostlin a veškeré nečistoty a následně provedeno čištění proudem tlakové vody.

2. Zpevnění – provedené na bázi organokřemičitanu a v místech nejvíce poškozených kvádrů provedeno opakovaně.

3. Tmelení – hluboké dutiny mezi pískovcovými kvádry byly vyplněny vápennou maltou
a spárování pak bylo doplněno hrubším minerálním tmelem.

4. Povrchová úprava – barevná úprava povrchu kamene byla provedena nástřikem ve světle okrovém tónu tak, aby nebyl potlačen charakter struktury kamene.

5. Hydrofobizace – vodoodpudivá vrstva, která byla provedena celoplošným nástřikem s dlouhodobým účinkem proti působení srážkové vody. Na stříšky a horní plochy říms byl navíc nanesen hydrofobní gel.

6. Omítání ploch – vápenné dvouvrstvé, vnější štuková vrstva provedena v barvě světlého okru.