Krypta se nachází pod východní polovinou jižní lodí. Vchází se do ní vchodem, který je uzavřen těžkými dubovými dveřmi uprostřed této lodi. Pod nimi se nacházejí další dveře s okénkem.

romanskeoknoPřesné stáří krypty není doloženo, ale dodnes se v ní zachovalo románské okénko, které pochází přibližně z 11.-13. století, takže bylo pravděpodobně vystavěno už při základech chrámu. Roku 1511, kdy chrám procházel rekonstrukcí, byla krypta zrekonstruována. Této době odpovídá použití rázovité klenby.

Uvnitř jsou 3 okna, zamřížovaná s drátěnou sítí. Klenba krypty je tvořena klínovitými gotickými žebry na jehlancových konsolách. Na severní stěně se nachází pravoúhlý portálek vedoucí do úzké chodby. Ta vedla kdysi nahoru do sakristie ale roku 1771-1772 byla při stavbě hlavního oltáře zazděna. V zemi se pod dřevěným záklopem nachází malý sklípek. V roce 1866 za prusko-rakouské války zde byly uschovány spisy, městské knihy a kostelní klenoty. Na východní straně stojí přímo u stěny dřevěný oltářík.

Pod okny ve dvou řadách nad sebou celkem je 41 rakví, obyčejně malovaných a vyřezávaných z let 1734-1781. Na levé stěně visí tabulky z rakví, některé jsou plechové s barevným písmem, jiné jsou z cínu a písmo mají vyryté. Tabulky byly dříve volně položené na oltáři, v roce 1928 byly ale upevněny na malá prkénka, neboť nebylo jasné, ke kterým rakvím patří.

První pohřeb do této krypty byl uskutečněn roku 1734, poslední roku 1781. Před tím byli majetní lidé se zásluhami pohřbíváni pod hlavní chrámovou lodí do země, kdy měl každý hrob silnou kamennou desku. Později pak byli lidé pohřbíváni do krypty. Vzhledem k zápachu bylo ale pohřbívání v chrámu po roce 1781 zakázáno. Těla zesnulých se díky neustálému průvanu konzervovala, u několika osob se zachovala velmi dobře až do dnešní doby. V kryptě je zcela určitě pohřbeno 41 osob. U těchto je výslovně zapsané v matričních listinách zemřelých „sepultus a/ est ad cryptam scti Nicolai“. Bez označení konkrétního místa je pod chrámem pohřbeno 22 osob a pod bočními oltáři a pod schodištěm před hlavním oltářem je pohřbeno 17 osob.

V kryptě jsou pohřbeni:

  • “Wenzeslaus  Rinx“ – primátor, † 16.11.1736, věk 61 let
  • „Franciscus Miselius“ – primátor, 22.10.1745, věk 62 let
  • „Panna Ludmila Miseliusová“ – dcera F. Miseliuse, 12.11.1745, věk 17 let, pochovaná v hedvábných šatech
  • „Anna Miseliusová“ – vdova po Joanu Miseliovi, 31.5.1737, věk 32 let
  • „Katharina conjunx Francisci Miselius“ – žena Fr. Miseliuse 24.10.1737 ,věk 38 let

–      Do rodiny Miseliusových se přiženil mladý sochař – Matyáš Braun, za necelé 2 roky po svatbě r.1721 umírá jeho tchyně –pí. Anna Miseliusová, a Braun v této době vytváří známou a krásnou sochu Plačící ženy (z jednoho kusu kamene na starém hřbitově – znázorňující Braunovu manželku, plačící nad smrtí své matky)

  • „Virgo Marie Elizabeth Rosalie Krňovská“ – 17.6.1738, nedožitých 13 let, dcera pána Jos. Ant. Krňovského – obyvatele města a senátora
  • „Filia dni Josephi Krňovský Marie Theresia“ 6.5.1745, věk 7 týdnů, dcera pána Jos. Krňovského
  • ,,Terezia Markéta, manželka Josefa Krňovského“ – 27.5.1763, věk 60 let
  • „Josephus Krňovský“ – soudce, 24.9.1778, věk 77
  • „Virgo Maria Magdalena filia dni Joannis Koml“ 26.10.1738, věk 18 let
  • „Joannes Koml, civis et actualis consul“ – občan a radní, 1.11.1738, věk 55 let
  • „Maria Magdalena vidua post defunctum Joannem Koml“ – vdova po nebožtíkovi Joannu Komlovi, 15.11.1738, věk 55 let
  • „Joannes Koml Philos. Mag. et theologus“ – theolog, 18.11.1738, věk 24 let

– (členové rodiny Khomlovy byli pohřbeni do krypty během tří týdnů velmi pravděpodobně na následky moru)

  • ,,Josef Wlach“ – primátor a lesmistr, 23.3.1767, věk 77 let
  • ,,Virgo Anna Ludmila Victoria, filia dni  Josephi Wlach“ – dcera p. J. Vlacha 24.l.1738, věk nedožitých 14 let
  • ,,Barbara Francisca filia dni Josephi Wlach“ – dcera p. J. Vlacha, 30.l.1738, věk 3 měsíce
  • „Eleonora, vidua post Josephum Wlach, nata Stiff“ – vdova po Josefu Wlachovi, rozená Štifová 18.11.1771, věk 57 let
  • „Franciscus Andreides, syndicus“ – radní písař, 13.11.1743, věk 40 let
  • „ Simeon Victora“ – vzdělaný poštmistr, přítel hraběte Fr. Anton. Šporka, 19.2.1743, věk 58let – na jeho rakvi je latinský nápis:

Kdokoliv k této rakvi přijdeš, zastav se, poutníče!
Jméno jeho bylo Šimon, přijmění Viktora,
jen smrť samou nemohl zmoci, bylť přemožen jí.
Byl jsem přednostou pošty a vysloužilý senator,
než nakonec nezbylo mně, než poštou si dodati smrť.
Osmapadesát, přesně vzato, bylo mě tenkráte let,
když ve čtvrtek v osudném dni byla mně souzena smrť.
Bylo to v nešťastném tom měsíci únoru,
kdy devatenáctého dne, pro oběť přišla si smrť.
Proto také došly po čtvrté hodině večer
života hodiny mé, pak nastala noc.
Po této noci temnotách a černavých mračnech
doufám ve pravdy žár, v příznivý slunečný den.
Aby se brzo tak stalo, pros, poutníče milý,
společně se zemřelým vroucně v modlitbách svých.

  • ,,Joannes Maria Victora, municeps et caes. reg. iudex Jaromirii, scriptor“ – círařský královský soudce v Jaroměři a také spisovatel knihy Libri memorabilium diversi coloris a syn pana Šimona Viktory, 10.12.1781, nedožitých 38 let
  • „Josephus filius dni Simeon Victora“ – syn pána Šimona Viktory, 2.12.1737, věk 3 roky
  • „Dorothea Emerentia, uxor Joannis Mariae Victorae“ – manželka J.M. Victory 11.4.1777, věk 32 let
  • „Samuel Wiskočil, civis et actituus“ –  jaroměřský rodák, 21.1.1745, věk 56 let
  • „Josephus Ferdinandus  Pavliček, decanus“ – za jeho působení se v chrámu stavěl hlavní oltář M. Krupkou, 5.1.1781, věk 69
  • ,,Ludmila natu Pavličkiana, vidua post defunctum Joannem Reichenbach“ – vdova po zesnulém J. Reichenbachovi, sestra děkana Pavlíčka 19.2.1772
  • „Anna Victoria conjunx dni Jacobi Schmidt“ – dcera  p. Khyna, lékárníka a účetního nad stavbou Braunova Mariánského sloupu na náměstí, zemřela 3 roky po svatbě, 3.5.1734, věk 35 let
  • „Maria Exner, uxor Josephi Benedicti  Exner, municipis et viri consularis“ – manželka občana a konzula p. Exnera, 19.10.1773, věk 30 let
  •  (Zde je zajímavé uvést, že dcera pana Exnera – Ludmila se stala druhou ženou p. Františka Smetany z Chvalkovic – otce skladatele Bedřicha  Smetany. Manželé spolu měli 5 dcer -Nanny, Kláru, Sofii, Marii a Lidu a Bedřich s nimi trávil své dětství. Pan František se oženil pak ještě potřetí  s Barborou Synkovou z Miletína a právě z tohoto manželství se Bedřich narodil.)
  • ,,Joannes Antonius Khin, primas“ – primátor, 1. 12.1735, věk 72 let
  • ,,Joannes Žďárský“ – 14.11.1741, věk 28 let
  • ,,Anna Wiskočilin, filia Jacobi Schmidt“ – dcera Jakoba Schmidta, 26.3.1743, věk 20 let
  • ,,Aloisia Galinin“ – 2.5.1745, věk 5 let
  • ,,Katharina Kroupiana“ – 24.l.1744, věk 64 let
  • ,,Joannes Kroupa“ –  29.12.1745, věk 49 let
  • ,,Francisca Pražakin“ 24.4.1745, 80 let
  • ,,Pater Honorius Gregorius Wagner, ordinis scti patris Francisci“ – františkán –   9.11.1745, věk 69 let
  • ,,Ignác, syn urozeného pána Josefa Ridla“ – jeho rodiče Josef a Kateřina roz. Miseliusová odpočívají uprostřed kostela pod schody před kněžištěm, 14.2.1767, věk 5 let – na jeho rakvi na lístku napsáno :

 Usnul v Pánu a odpočívá
mezi těma květinama,
Ignacius jméno jeho,
odebral se z světa toho,
Riedl příjmení majíce,
6 let věku čítajíce.
Pochován jest roku toho,
sedmnáctistého, šedesátého sedmého.

  • ,,Jan Lůssler, kněz z tovaryšstva Ježíšova“ – plukovní kaplan, 30. 6.1759, věk neuveden
  • ,,Josefa, uxor Heibler, geometri chori vicecolonelli ex Pless“ – manželka člena zeměměřického sboru v Josefovské pevnosti 14.1.1781, věk 42 let
  • ,,Wenzeslaus Kherner, municeps et ecclesiae dirictor“ – ředitel záduší, 13.12.1781, věk 58 let
  • ,,Maria Killingrin“ – 16.12.1781, věk 53 let
  • ,,Řehoř Theny“ – sochař Mariánského sloupu na náměstí, přítel Matyáše B. Brauna, 5.5.1759, věk 64 let

Bez označení místa jsou pohřbeni tito lidé:

  • „Václav Andreides, inspektor panství Sádovského“ 2.2.1695, věk 64 let
  • „Joannes Wenceslaus Andreides, emeritus decanus“ – emeritní děkan, 18.12.1725, věk 64 let
  • „Franciscus Andreides“  8.5.1721, věk 76 let
  • „Učený a poctivý mládenec Matěj Brendler, rozený ve vsi Seitendorfu“, 2.2.1695, věk 24 let
  • „Thomas Ignatius Exner, vigilantissimus decanus per 20 annos“ – byl děkanem po dobu 20 let, 29.12.1704
  • „Franciscus Hledik, decanus“ 16.12.1756, věk 56 let
  • „Jan Horák z Vršova, primator“  24.12.1667, věk 45 let
  • „Daniel Komínek, soused a obecní starší“  6.9.1692, věk 39 let
  • „Mládenec Šimon Komínek, pozůstalý syn po Dan. Komínkovi, někdy sousedu zdejším a obecním starším“ 2.1.1693, věk 17 let a 16 týdnů
  • „Franciscus filius Konvička, fortuito trajectus, náhodou zastřelen“ 12.9.1747, věk 3 roky
  • „Magdalena, manželka urozeného pána Matyáše Lva“ 2.1.1688, věk 64 let
  • „Matyáš Lev, soused a spoluradní“ 21.11.1699, věk 60 let – byl o 15 let mladší než manželka
  • „Administrator Peter Franciscus Logdman de Auen“ 28.4.1714, věk neuveden, jeho rodina přišla do Čech z Irska, v Poděbradech jsou uvedeni již v r.1627
  • „Ferdinand Man, někdy primator“ 22.2.1689, věk 78 let
  • „Franciscus Planesch,syndicus“ – syndik 10.9.1747, věk 36 let
  • „Kateřina,manželka pana Jana Viléma Payera, písaře radního“ 2.3.1712, věk 49 let
  • „Anna filia praenobilis domini Francisci Redlich“ – dcera ušlechtilého pána Františka Redlicha, 2.5.1748, věk 1 rok.- František Redlich si dne 28.11.1748 vzal za manželku vdovu po Šimonovi Viktorovi
  • „Pater Wenceslaus Richter, emeritus capellanus Jaromiriensis“ vysloužilý kaplan, 31.8.1735, věk 57 let
  • „Pater Franciscus Scharf, fundatista Chudkianus“ 30.3.1757, věk 60 let
  • „Joannes Georgius Schenkejs, supremus leutenantus“ – nejvyšší poručík, 23.2.1677,věk 85 let
  • „Joannes Christoforus Stiff primas“ 8.1.1734, věk 63 let, dne 18.11.1702 se pan Jan Krištof Štiff oženil s pannou Ludmilou, dcerou pana Daniela Miselia, zdejšího primátora
  • „Martinus Augustinianus Viktora, AA.LL. et Philosophiae Doctor, decanus emeritus“, věk neuveden

U oltáře panny Marie Bolestné jsou pohřbeni:

  • „Terezie Bleiweissová,manželka Františka Bleiweisse, primatora“ 27.9.1720, věk 52 let – byla dcerou Václava Andreidesa, měštěnína a inspektora Sádovského panství
  • „Franciscus Wenceslaus Bleiweiss“, primátor a manžel Terezie Bleiweissové, 26.10.1729, věk 70 let
  • „Václav Cikán z Čermné“ 9.2.1691, věk 60 let – jeho manželkou byla Isabella, roz.Smrčková z Mnichu
  • „nobilis dominus de Requille Maxmilianus Franciscus“, mládenec a kapitán pěšího belgického pluku vévody z Ligny, 8.2.1779, věk 40 let
  • „Kateřina Šádková“, vdova po panu Martinu Šádkovi, poštmistrovi a primátorovi z Nové Paky,16.12.1781, věk 63 let

U oltáře sv.Barbory (nyní sv. Jana Nepomuckého) jsou pohřbeni :

  • „Barbora,vdova po Janu Kroupovi,ex civitate No 27“ z náměstí čís.27, věk neuveden
  • „Perillustris ac generosus dominus Wenzeslaus Cikán senior de Čermná“, ctěný a velkorysý pán,17.8.1678, věk 78 let
  • „Rozina Cikánová starší“z Čermné a na Čermné, 5.8.1684,věk 83 let

U oltáře sv.Františka Xavera jsou pohřbeni:

  • „generosus ac magnificus dominus Mathias Andreas Lorenz, civis et Caes.Maj.iudex“, rychtář Jeho císařské Milosti, 26.3.1681, věk 72 let
  • „illustrissimus Dominus Baro de Schawenberg Ludovicus“, rytíř německého řádu, zemřel při stavbě pevnosti Josefova, 8.2.1779, věk 26 let
  • „virgo Elisabetha Veronica Austezkiana de Fostemberi“12.6.1723, věk 70 let

U oltáře sv.Kříže je pohřbena :

  • „virgo Eleonora Elisabeth Fenclin von Winterfeld“ 30.8.1729, věk 51 let

U oltáře sv.Václava je pohřben:

  • „Joannes Hendrych Hradský“ – důstojný, velebný a dvojctihodný pán, jaroměřský děkan, 16.10.1683, věk 40 let

Uprostřed kostela před hl.oltářem (pod schodištěm) jsou pohřbeni :

  • „Dominus Rýdl Josephus Constantinus municeps, vir consularis, primas et ecclesiae commissarius“ – měšťan, konzul a komisař, 15.3.1779, věk neuveden
  • „Domina Catharina uxor“, manželka pana Rýdla, 1.8.1779,věk neuveden
  • „Joannes Ignatius Tichi, decanus Jaromiriensis“, 1710, věk 29 let
  • „Daniel Miselius“- primátor, pohřbený pod radní lavicí na levé straně před oltářem,1704, věk 81 let